メールアドレスログイン時のワンタイムコード発行用スマートフォンは複数設定できますか？

設定できません。
1つのアカウント用メールアドレスに対し1つのスマートフォン（認証端末）が紐づけられます。
1つのメールアドレスに複数のスマートフォンを設定することはできません。
※初回のログイン設定の際に設定した端末が紐づきます。